Kanonen er organiseret og drevet som en fond, der overordnet drives af en bestyrelse.
Bestyrelsen består af 4 medlemmer.
Der er 4 eksterne medlemmer, der er udpeget med baggrund i deres pædagogiske, socialfaglige, økonomiske eller juridiske indsigt. Den ene af disse eksterne medlemmer er bestyrelsesformand.
Derudover er der 2 bestyrelsesmedlemmer, der repræsenterer den daglige ledelse af Fonden Kanonen.
Bestyrelsen er organisationens øverste myndighed. Den ansætter og afskediger lederne samt træffer alle væsentlige beslutninger vedr. organisationens drift.
Bestyrelsen mødes ca. 4-6 gange om året.
Bestyrelsen består af:
- Bestyrelsesformand advokat Jens Dynesen
- Bestyrelsesmedlem administrativ leder Kim Jensen
- Bestyrelsesmedlem Revisor John Cubbin
- Bestyrelsesmedlem konsulent Geert Jørgensen